Lima Taman Nasional di NTT Tersebar di Pulau Flores, Pulau Timor dan Pulau Sumba

Kawasan Taman Nasional Kelimutu terletak di wilayah Kabupaten Ende, Provinsi Nusa Tenggara Timur. 
Diduga Gunung Api Kelimutu lama menjadi kaldera dan kerucut puncak baru terbentuk di dalamnya, yang pada gilirannya sebagian hancur. Akhirnya, dua lubang kawah terbentuk di puncak bagian timur dan satu di bagian barat.

Danau merah memiliki diameter sekitar 400 meter dan kedalamannya sekitar 60 meter. Warna merah adalah hasil dari pengendapan besi merah di bagian bawah. Kawah tidak lagi menunjukan aktivitas vulkanik.

Danau hijau terletak tepat di sebelahnya memiliki tingkat danau yang sama dengan danau merah, tetapi berada pada tahap yang jauh lebih aktif. Kedua danau ini tingginya sekitar 1.410 meter, sedangkan puncak tertinggi Kelimutu adalah 1.639 meter di atas permukaan laut. 

Sedimen yang menyebabkan kekeruhan air terdiri dari belerang, yang diduga terbentuk oleh aksi reduksi hidrogen sulfida pada asam belerang. Airnya sangat asam dan memiliki efek korosif pada kulit. Danau ini berukuran hampir sama dengan danau merah, tetapi kedalamannya hampir dua kali lipat.

Danau biru hijau ketiga memiliki ketinggian danau sepuluh meter lebih rendah, dan terbatas pada pancaran hidrogen sulfida atau gas yang cukup kuat. Airnya kurang asam di bandingkan dengan danau kedua, tetapi masih lebih asam daripada danau merah. Lubang ledakan terjadi dimana danau itu berada dengan memiliki diameter sekitar 300 meter. 

Tidak banyak diketahui tentang bekas aktivitas Kelimutu. Menurut tradisi, punggungan sempit dan tajam antara danau hijau keruh dan danau merah itu pernah menjadi setinggi bibir kawah.

3. Taman Nasional Mutis

Taman Nasional Mutis Timau menjadi taman nasional ke-56 di Indonesia melalui Keputusan Menteri LHK Nomor 96 Tahun 2024 tentang Perubahan Fungsi Dalam Fungsi Pokok Cagar Alam Mutis Timau menjadi Taman Nasional dan Perubahan Fungsi Antar Fungsi Pokok Kawasan Hutan Lindung Mutis Timau Menjadi Taman Nasional di Kabupaten Kupang, Kabupaten Timor Tengah Selatan dan Kabupaten Timor Tengah Utara Provinsi NTT. 

Dalam keputusan tersebut, disebutkan kawasan Taman Nasional Mutis Timau memiliki luas kurang lebih 78.789 hektar. Mutis Timau menjadi rumah bagi berbagai jenis keanekaragaman hayati yang unik, di antaranya adalah keberadaan Ampupu (Eucalyptus urophylla), yaitu jenis tumbuhan endemik yang penyebaran alaminya ada di NTT.

Selain itu, Mutis Timau menjadi rumah bagi 88 spesies burung, 8 spesies mamalia, termasuk Kus-Kus dan Rusa Timor yang dilindungi.

4. Taman Nasional Matalawa (Manupeu Tanah Daru dan Laiwangi Wanggameti)

Taman Nasional Manupeu Tanah Daru dan Laiwangi Wanggameti atau seterusnya disingkat menjadi TN Matalawa terdiri dari dua kawasan Taman Nasional yaitu Manupeu Tanah Daru dan Laiwangi Wanggameti. 

Taman Nasional Matalawa pun menjadi lebih spesial.Beberapa publikasi menyebutkan bahwa tegakan hutan alam yang tersisa di Sumba sebagian besar terdapat di kawasan taman nasional. 

Ribuan mata air yang mengalirkan airnya menjadi puluhan air terjun dan sungai-sungai besar, menjadikan Matalawa sebagai Kawasan perlindungan hidrologi yang sangat penting.

Perpaduan antara variasi ekosistem dan tegakan hutan dengan daerah aliran sungai yang beragam merupakan rumah yang nyaman bagi lebih dari 150 jenis burung yang tinggal di dalamnya baik sebagai penetap maupun sebagai pengunjung musiman (migran).