Nama "NUSA NIPA" adalah nama asli dari pulau Flores yang artinya "Pulau Ular".Secara operasional, Universitas Nusa Nipa berjalan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 69/D/0/2005 tanggal 26 Mei 2005 dengan 6 Fakultas dan memiliki 13 progam studi. 

Kemudian pada tahun 2012 terdapat penambahan fakultas dan program studi sehingga menjadi 7 fakultas dan 18 program studi yaitu Fakultas Imu-ilmu Kesehatan (S-1 Keperawatan,D-3 Keperawatan, Pendidikan Profesi Ners), Fakultas Teknik (Teknik Informatika, Teknik Sipil, dan Teknik Arsitektur),Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan (Manajemen Sumberdaya Perairan), Fakultas Pertanian (Agribisnis dan Agroteknologi), Fakultas Ilmu-ilmu Sosial (Psikologi dan Ilmu Komunikasi), Fakultas Ekonomi (Akuntansi dan Manajemen), Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (PGSD.Pendidikan Biologi,Pendidikan Fisika,Pendidikan Kimia dan Pendidikan Bahasa Inggris).

Motto Universitas Nusa Nipa adalah Berwawasan Universal dan Berkiprah Nasional dengan semboyan Non Scholae Sed Vitae Discimus yang artinya:"Kita belajar bukan untuk sekolah, melainkan untuk hidup". Motto tersebut bermakna bahwa Universitas Nusa Nipa membentuk pendidikan untuk kepentingan universal artinya dapat memenuhi kebutuhan regional dengan mempertimbangkan tujuan pendidikan nasional

Berita TribunFlores.com Lainnya di Google News